Gdy system operacyjny zostanie zainfekowany wirusami, a ważne pliki jądra zostaną usunięte, nie ma innego wyjścia, jak tylko odbudować oryginalny system operacyjny. W takim przypadku komputer zazwyczaj w ogóle się nie włącza (system operacyjny się nie uruchamia).
Konieczne może być również przepisanie lub odbudowanie systemu po naprawie technicznej komputera (np. wymianie dysku twardego).
Ważnym pytaniem, które należy zadać przed nadpisaniem systemu operacyjnego, jest to, czy komputer zawiera ważne dane. Jeśli tak, to jakie dane należy zapisać. Jeśli dysk twardy komputera jest nienaruszony, wszystkie ważne dane powinny zostać zrzucone na zewnętrzny nośnik pamięci przed wykonaniem pracy, a następnie przesłane z powrotem po przywróceniu systemu operacyjnego. Należy jednak ponownie zainstalować wszystkie niezbędne aplikacje, ponownie skonfigurować klienta poczty e-mail itp.
Podczas nadpisywania systemu operacyjnego dysk twardy jest formatowany, a wszystkie istniejące informacje są usuwane. Dysk jest partycjonowany. Po tej usłudze komputer działa tak, jak wtedy, gdy był nowy, usuwając wszystkie potencjalnie niepotrzebne i obciążające programy, które zostały zainstalowane na komputerze.